Paletten aus Holz kommen häufiger zum Einsatz als Kunststoffpaletten. Eine Holzpalette ist im Vergleich zu ihrem Pendant aus Kunststoff leicht zu reparieren, nimmt Feuchtigkeit auf und ist deutlich robuster. Das bei Flachpaletten, Europaletten, EPAL, Gebrauchtpaletten eingesetzte Holz, etwa bei Deckbrettern, Querbrettern oder Bodenbrettern ist meistens Kiefernholz. Dieses Holz weist eine hohe Antibakterielle Wirkung vor. Lediglich beim Transport von Lebensmitteln ist die Kunststoffpalette beliebt.